A missão da ANFQ é providenciar a todas as pessoas com Fibrose Quística a oportunidade de viverem vidas plenas e produtivas, apoiando-as e às suas famílias nas dificuldades causadas pela doença, implementando ações de aspeto médico e social, divulgando sintomas e cuidados de natureza curativa e preventiva e informando de novos conhecimentos sobre a doença.